فوائد الزعتر تتعدد حسب طريقة إستخدامه لكنها تخدم الصحة العامة للجسم ككل ..
فمثلا للجهاز التنفسى يساعد الزعتر على علاج السعال الديكي والألتهابات الشعبيه ، والربو، والبلغم . كما يساعد على تسهيل خروج المخاط الشعبي فيهدئ الشعب الهوائية ويلطفها .ويكون هذا عن طريق شربه مغلي ويستخدم زيته أيضا في دهن الصدر قبل النوم..
وبالنسبة للجهاز المناعي يعمل على تقويته وتقوية العضلات ومنع تصلب الشرايين وتقوية عضلات القلب ..
وكذلك يمكن إعتبار الزعتر مسكن للألم ومطهر ومنشط للدورة الدموية ..
وبالنسبة للجهاز البولى يعالج الزعتر إلتهابات المسالك البولية والمثانة ويشفي من مرض المغص الكلوى ..
ومن فوائده للجهاز الهضمى إنه يساعد على طرد الغازات من المعدة ومنع التخمر كما يساعد على الهضم وامتصاص المواد الغذائية . وكذلك هو ارد للفطريات والطفيليات مثل الأمبيا المسببه للدوسنتاريا ،وقاتل للميكروبات نظرا لإحتوائه على مادة الكارفكرول ..
ويحتوى الزعتر كذلك على العديد من المواد المضادة للأكسدة والتى تحمى الجسم من تكون السرطانات ..